במקביל למבצע איסוף שמות הנרצחים, פתח המכון הבינלאומי לחקר השואה ב"יד ושם" בפרויקט מחקרי לזיהוי ולמיפוי כל אתרי ההריגה ההמוניים של יהודים במזרח אירופה בתקופת השואה, כך מדווח הבוקר עיתון ´הארץ´.

על-פי הדיווח, גיא ההריגה בבאבי יאר שייך לקבוצת אתרי ההרג ההמוניים הגדולים ביותר, לצד אתרים כמו פונאר (ראו מפה למעלה), שבכל אחד מהם נרצחו רבבות יהודים. 

מנהל מכון המחקר, הפרופ´ דוד בנקיר, מעריך כי באזור המשתרע מהים הבלטי בצפון ועד לים השחור בדרום היו עוד מאות אתרי הרג קטנים יותר - שאינם מוכרים לחוקרים. כדי לגלות מידע על אתרים אלה ינברו החוקרים במאגר מסמכים ענק שהצטבר בארכיון יד ושם, הכולל פרוטוקולים של ועדות חקירה סובייטיות ופולניות, עדויות שגבו קציני נ-ק-וו-ד מתושבי עיירות וכן יומנים של ניצולי שואה וחיילים גרמנים.

כמו כן, ימוסד ויורחב שיתוף הפעולה עם הכומר הצרפתי פטריק דיבואה, העוסק בשנים האחרונות בגביית עדויות מתושבי עיירות באוקראינה על קברי אחים של יהודים. לדברי בנקיר, למחקר כמה מטרות: זיהוי מדויק של אתרי ההרג לצורך הנצחה, זיהוי מבצעי מעשי ההרג, השגת אומדן מדויק יותר של מספרי הנרצחים ובדיקת היקף שיתוף הפעולה של תושבים מקומיים עם הרוצחים.